Beste boekhoudprogramma voor een webshop: 6 opties (2026)

Het beste boekhoudprogramma voor een webshop is voor de meeste Nederlandse webshops Moneybird (vanaf Groei) of e-Boekhouden.nl Standaard + Factureren. Heb je voorraad en veel orders, kijk dan naar SnelStart inZicht of Exact Online.

---

Je webshop draait, de bestellingen komen binnen — maar hoe houd je je boekhouding overzichtelijk zonder er uren aan kwijt te zijn? Het juiste boekhoudprogramma maakt het verschil tussen handmatig facturen overtypen en een volledig geautomatiseerde administratie. In dit artikel vergelijken we zes populaire boekhoudprogramma’s die geschikt zijn voor Nederlandse webshopondernemers, zodat je een weloverwogen keuze kunt maken.

Waar moet je op letten bij een boekhoudprogramma voor je webshop?

Voordat we de programma’s vergelijken, is het belangrijk om te weten welke functionaliteiten specifiek voor webshophouders relevant zijn. Niet elk boekhoudprogramma is namelijk even geschikt voor e-commerce.

De belangrijkste criteria zijn koppelingen met je webshopplatform (zoals WooCommerce, Shopify, Lightspeed of Magento), automatische verwerking van bestellingen en facturen, btw-aangifte met een overzicht per EU-land voor de OSS-regeling, voorraadbeheer of een koppeling met een voorraadsysteem, en ondersteuning voor meerdere betaalmethoden en valuta’s. Daarnaast is het prettig als het programma een bankkoppeling biedt, zodat transacties automatisch worden ingelezen en gematcht.

Met deze criteria in het achterhoofd bekijken we zes veelgebruikte opties.

1. Moneybird — de populairste keuze voor webshopondernemers

Moneybird (zie Moneybird kosten per maand) is een van de meest gebruikte boekhoudprogramma’s in Nederland en staat bekend om zijn gebruiksvriendelijke interface. Het programma richt zich op zzp’ers en het mkb en biedt uitgebreide mogelijkheden voor webshophouders. Meer over het pakket lees je in onze Moneybird review.

Webshop-integraties: Moneybird koppelt met vrijwel alle grote e-commerceplatformen, waaronder Shopify, WooCommerce, Lightspeed, Magento en BigCommerce. Via tools als Shoppie, Woocommerce-Moneybird of de Moneybird API kunnen bestellingen automatisch als facturen worden aangemaakt.

Sterke punten: De interface is overzichtelijk en snel te leren, ook voor ondernemers zonder boekhoudervaring. Vanaf Groei koppel je tot 5 externe bankrekeningen en verwerk je 50 banktransacties per maand; onbeperkt kan alleen in Compleet. In Compact en Start koppel je geen externe bank en verwerk je maximaal 5 respectievelijk 20 banktransacties per maand, en dat is voor de meeste webshops te weinig. Je gewone btw-aangifte verstuur je vanaf Start direct vanuit het programma. Verkoop je aan particulieren in andere EU-landen boven de € 10.000, dan doe je de OSS-melding zelf in Mijn Belastingdienst Zakelijk. Daarnaast biedt Moneybird uitgebreide rapportages en is samenwerking met een boekhouder eenvoudig in te richten.

Aandachtspunten: Moneybird biedt beperkte mogelijkheden voor voorraadbeheer. Voor uitgebreid voorraadbeheer ben je afhankelijk van een externe koppeling. Het programma is daarnaast minder geschikt voor bedrijven met complexe bedrijfsstructuren of meerdere entiteiten.

Prijsindicatie: Moneybird heeft sinds 1 juli 2026 geen gratis variant meer, wel 60 dagen gratis proefperiode. De vier betaalde pakketten zijn Compact (€ 3 per maand bij jaarabonnement, € 4 maandelijks), Start (€ 15 / € 18), Groei (€ 29 / € 35) en Compleet (€ 41 / € 49). Ze verschillen in het aantal banktransacties, gebruikers en bankkoppelingen; onbeperkt factureren begint bij Start.

Geschikt voor: Zzp’ers en kleine tot middelgrote webshops die een gebruiksvriendelijk programma zoeken met goede koppelingen.

2. e-Boekhouden — voordelig en overzichtelijk

e-Boekhouden (zie e-Boekhouden.nl kosten per maand) is een van de langst bestaande online boekhoudprogramma’s in Nederland en onderscheidt zich door een scherpe prijs en een breed scala aan functies.

Webshop-integraties: Het programma koppelt met Shopify, WooCommerce, Lightspeed, Magento en CCV Shop. De integratie verloopt via partners als SnelKoppeling en Shoppie, waarmee bestellingen en facturen automatisch worden gesynchroniseerd.

Sterke punten: De prijs-kwaliteitverhouding is uitstekend, met een vast maandelijks tarief ongeacht het aantal facturen. e-Boekhouden biedt goede rapportagemogelijkheden, directe btw-aangifte bij de Belastingdienst en ondersteuning voor meerdere administraties binnen één account. Het programma heeft daarnaast een actieve community en uitgebreide handleidingen.

Aandachtspunten: De interface oogt wat minder modern dan die van Moneybird. Voor sommige webshopkoppelingen is een externe tool nodig, wat extra kosten met zich mee kan brengen. De mobiele app is beperkter dan bij enkele concurrenten. Let op de grens van 240 boekingen per boekjaar in het ZZP-pakket: elke order, bankmutatie en inkoopfactuur telt mee, dus een actieve webshop heeft al snel Standaard + Factureren nodig.

Prijsindicatie: Vanaf € 9,95 per maand voor het ZZP-pakket (maximaal 240 boekingen per boekjaar, onbeperkt factureren); onbeperkt boekhouden én factureren kost € 24,00 per maand (Standaard + Factureren). Bedragen exclusief btw. Er is geen blijvend gratis versie, wel 14 dagen gratis proberen — en startende ondernemers gebruiken e-Boekhouden.nl de eerste 15 maanden gratis.

Geschikt voor: Kostenbewuste webshopondernemers die een betrouwbaar en volledig pakket zoeken.

3. Exact Online — voor groeiende webshops met complexere behoeften

Exact Online is een uitgebreid boekhoudpakket dat verder gaat dan alleen facturatie. Het is bijzonder geschikt voor webshops die groeien en behoefte hebben aan voorraadbeheer, projectadministratie of een koppeling met hun logistieke processen.

Webshop-integraties: Exact Online biedt koppelingen met Shopify, WooCommerce, Magento, Lightspeed en BigCommerce via integratiepartners als Channable, ChannelEngine en diverse Exact-apps. De integraties zijn over het algemeen robuust en geschikt voor hogere volumes.

Sterke punten: Het programma biedt een ingebouwd voorraadbeheer en magazijnmodule, wat voor webshops met fysieke producten een groot voordeel is. De rapportagemogelijkheden zijn uitgebreid en geschikt voor meerdere entiteiten of vestigingen. Exact Online is breed geaccepteerd door accountants en boekhouders in Nederland. Daarnaast schaalt het programma goed mee met groei.

Aandachtspunten: Exact Online is duurder dan de meeste alternatieven en de leercurve is steiler. De interface is functioneel maar kan voor starters overweldigend aanvoelen. Daarnaast zijn sommige modules apart geprijsd.

Prijsindicatie: Exact Online prijst per pakket en module; wij hebben de tarieven niet zelf bij de leverancier gecontroleerd en noemen daarom geen bedrag. Kijk voor de actuele prijs op de website van Exact.

Geschikt voor: Middelgrote en groeiende webshops die voorraadbeheer, meerdere magazijnen of geavanceerde rapportages nodig hebben.

4. Jortt — de eenvoudigste optie voor starters

Jortt richt zich nadrukkelijk op eenvoud en is ontworpen voor ondernemers die zo min mogelijk tijd aan hun boekhouding willen besteden. Het programma automatiseert veel processen en is snel te leren.

Webshop-integraties: Jortt (zie Jortt prijzen 2026) biedt vanaf het pakket MKB een API-koppeling en in Plus automatische verwerking van webshopfacturen en -betalingen. Welke webshopplatformen direct koppelen, zie je in het app center van Jortt. Het aantal directe e-commerce-integraties is beperkter dan bij Moneybird of e-Boekhouden. Jortt en Moneybird naast elkaar: Jortt vs Moneybird.

Sterke punten: Het programma is bijzonder laagdrempelig. Bonnetjes kunnen via de app worden gescand en automatisch worden verwerkt. Jortt biedt automatische btw-aangifte en bankkoppelingen. De samenwerking met een boekhouder verloopt soepel via een apart accountantsportaal.

Aandachtspunten: De beperktere set webshopkoppelingen maakt Jortt minder geschikt voor webshops op platformen als Lightspeed of Magento. Voor groeiende bedrijven met complexere behoeften kan het programma te beperkt zijn. De rapportagemogelijkheden zijn eenvoudiger dan bij de concurrentie. Jortt ZZP is bovendien begrensd op 250 boekingen per maand en één bankrekening.

Prijsindicatie: Jortt Starter is gratis voor facturen en offertes, maar zonder boekhouding, bankkoppeling of btw-aangifte. Boekhouden begint bij Jortt ZZP: € 21,95 per maand, of € 19,95 bij jaarbetaling (excl. btw); nieuwe klanten krijgen 30 dagen gratis en daarna 3 maanden € 9,95. Actuele bedragen: Jortt prijzen.

Geschikt voor: Startende webshopondernemers met een beperkt aantal bestellingen die eenvoud boven uitgebreide functionaliteit verkiezen.

5. Yuki — automatisering door documentherkenning

Yuki onderscheidt zich door geavanceerde documentherkenning. Het programma leest bonnen, facturen en bankafschriften automatisch in en verwerkt deze, waardoor handmatig invoerwerk tot een minimum wordt beperkt.

Webshop-integraties: Yuki koppelt met de gangbare webshopplatformen via integratiepartners. De koppelingen zijn functioneel, maar de kracht van Yuki ligt vooral in de automatische verwerking van inkoopfacturen en bonnetjes — iets waar webshophouders met veel leveranciers baat bij hebben.

Sterke punten: De documentherkenning (OCR) is een van de beste in de markt. Het programma automatiseert het boekingsproces verregaand en is daardoor tijdbesparend voor ondernemers met een hoog volume aan inkoopfacturen. Yuki is populair bij accountantskantoren, wat samenwerking vergemakkelijkt.

Aandachtspunten: De interface heeft een steilere leercurve dan Moneybird of Jortt. Het programma is primair ontworpen om samen met een boekhouder te gebruiken, waardoor het voor doe-het-zelvers minder intuïtief kan aanvoelen. De prijsstelling is minder transparant dan bij sommige concurrenten.

Prijsindicatie: afhankelijk van het pakket en het aantal documenten. Wij hebben dit tarief niet zelf bij de leverancier gecontroleerd en noemen daarom geen bedrag; kijk voor de actuele prijs op de website van de leverancier.

Geschikt voor: Webshopondernemers met veel inkoopfacturen die de boekhouding samen met een accountant voeren en maximale automatisering willen.

6. Snelstart — budgetvriendelijk met brede functionaliteit

Snelstart is een Nederlandse boekhoudoplossing die een brede set functies biedt tegen een scherpe prijs. Het programma bestaat al langer en heeft in de loop der jaren een solide reputatie opgebouwd.

Webshop-integraties: Snelstart koppelt met WooCommerce, Shopify, Lightspeed en Magento via integratiepartners als SnelKoppeling. De koppelingen zijn functioneel en geschikt voor het automatisch doorboeken van bestellingen.

Sterke punten: Het programma biedt een goede balans tussen functionaliteit en prijs. Snelstart biedt facturatie, btw-aangifte, bankkoppelingen en basisrapportages. De samenwerking met een boekhouder is eenvoudig in te richten. Orderbeheer en voorraadcontrole zitten alleen in de hogere pakketten.

Aandachtspunten: De interface is functioneel maar niet de meest moderne. De mobiele app is beperkter dan bij Moneybird of Jortt. Voor webshops met geavanceerde rapportagebehoeften kan Snelstart te beperkt zijn.

Prijsindicatie: Snelstart heeft geen gratis pakket, wel 30 dagen gratis proberen. inStap (€ 15,50 per maand) is bedoeld voor ondernemers die hun boekhouding uitbesteden; zelf boekhouden met btw- en ICP-aangifte begint bij inKaart. Orderbeheer van webshop tot winkel zit vanaf inZicht (€ 54,00 per maand), en volledige voorraadcontrole pas in inControle (prijs op aanvraag). Wil je SnelStart-pakketten vergelijken, dan staan alle pakketten met prijzen en functies in ons aparte overzicht.

Geschikt voor: Kleine webshopondernemers die een betaalbaar programma zoeken met voldoende functionaliteit voor een eenvoudige administratie.

Vergelijkingstabel

Programma	Prijs (vanaf)	Webshopkoppelingen	Voorraadbeheer	Gebruiksgemak	Geschikt voor
Moneybird	€ 3,00 – € 41,00 p/m	Uitgebreid	Via koppeling	Zeer goed	Zzp & klein mkb
e-Boekhouden	€ 9,95 – € 24,00 p/m	Goed	Ingebouwd (voorraadadministratie)	Goed	Kostenbewuste ondernemer
Exact Online	Niet door ons gecontroleerd	Uitgebreid	Ingebouwd	Gemiddeld	Groeiende webshops
Jortt	Starter gratis (alleen facturen) / ZZP € 21,95 p/m	Beperkt	Nee	Zeer goed	Starters
Yuki	Niet door ons gecontroleerd	Goed	Via koppeling	Gemiddeld	Met boekhouder
Snelstart	€ 15,50 – € 54,00 p/m	Goed	Orderbeheer vanaf inZicht, voorraadcontrole in inControle	Goed	Klein budget

Rekenvoorbeeld: 100 orders per maand

Komt elke order als losse betaling binnen, dan is een instappakket bij 100 orders per maand niet genoeg. Bij Moneybird heb je dan Compleet nodig, want Groei verwerkt maximaal 50 banktransacties per maand. Bij e-Boekhouden.nl zit je met ZZP (240 boekingen per boekjaar) binnen drie maanden aan de grens, dus kies je Standaard + Factureren. Bij Jortt zit de automatische verwerking van webshopfacturen en -betalingen in Plus. Reken dus met het pakket dat bij je ordervolume past, niet met het instaptarief.

Welk programma past bij jouw webshop?

De keuze voor het juiste boekhoudprogramma hangt af van de fase waarin je webshop zich bevindt en je specifieke behoeften.

Start je net? En verwerk je nog weinig orders? Kijk dan naar e-Boekhouden.nl ZZP (maximaal 240 boekingen per boekjaar) of Moneybird Start (maximaal 20 banktransacties per maand). Groeit je aantal orders, dan kom je al snel uit bij Moneybird Groei of Compleet, e-Boekhouden.nl Standaard + Factureren of Jortt Plus. Dat laatste pakket positioneert Jortt zelf als het pakket voor webshops.

Heb je een draaiende webshop met regelmatige omzet? Moneybird of e-Boekhouden bieden de beste combinatie van gebruiksgemak, webshopkoppelingen en prijs. Moneybird scoort het hoogst op interface en integraties, terwijl e-Boekhouden aantrekkelijk is voor wie op de kosten let.

Groeit je webshop snel en heb je voorraadbeheer nodig? Dan is Exact Online de meest voor de hand liggende keuze. Het is duurder, maar biedt functionaliteiten die de andere programma’s niet standaard hebben.

Werk je samen met een boekhouder en wil je maximale automatisering? Yuki is in dat geval het overwegen waard, vooral als je veel inkoopfacturen verwerkt.

Conclusie

Er is geen universeel “beste” boekhoudprogramma — de juiste keuze hangt af van je situatie. Voor de meeste webshopondernemers biedt Moneybird de beste balans tussen gebruiksgemak, integraties en prijs. Groeiende webshops met complexere logistiek zijn beter af met Exact Online. En voor starters die het simpel willen houden, is Jortt een uitstekend instapmodel.

Welk programma je ook kiest: zorg dat je de koppeling met je webshopplatform goed test voordat je overschakelt. De meeste programma’s bieden een gratis proefperiode, dus je kunt zonder risico uitproberen welk pakket het beste bij jouw werkwijze past.

Bronnen: snelstart.nl/pakketten (SnelStart) en de Moneybird-kennisbank “Pakketten in Moneybird”; de actuele controledatum per leverancier staat op prijzen en limieten. Beide aanbieders hebben hun pakketten per 1 juli 2026 gewijzigd; oudere vermeldingen van een gratis pakket bij SnelStart of Moneybird zijn daarmee vervallen en in dit artikel gecorrigeerd. Bedragen per maand, exclusief btw.

e-Boekhouden.nl: de tarieven in dit artikel komen van e-boekhouden.nl/prijzen (actuele controledatum: prijzen en limieten). Actuele pakketten: ZZP € 9,95 (maximaal 240 boekingen per boekjaar, onbeperkt factureren), Standaard € 14,50 (onbeperkt boekhouden, zónder facturatie) en Standaard + Factureren € 24,00 (onbeperkt boekhouden én factureren). Startende ondernemers gebruiken e-Boekhouden.nl de eerste 15 maanden gratis. Bedragen per maand, exclusief btw. Een lopende actie van 50% korting geldt alleen voor nieuwe klanten en alleen het eerste jaar; daarna geldt het reguliere tarief.

Veelgestelde vragen

Kan ik de OSS-aangifte vanuit mijn boekhoudprogramma doen?

Nee. De OSS-melding (eenloketsysteem) doe je zelf in Mijn Belastingdienst Zakelijk, onder ‘Btw’ en ‘E-commerce’. Je boekhoudprogramma kan je wel een overzicht van omzet en btw per EU-land geven. Je gewone Nederlandse btw-aangifte verstuur je bij de meeste pakketten wel direct vanuit het programma.

Wanneer moet ik als webshop buitenlandse btw rekenen?

Zodra je verkopen aan particulieren in andere EU-landen samen boven de € 10.000 per jaar komen. Vanaf dat moment reken je het btw-tarief van het land van je klant. Die btw geef je per kwartaal aan via het eenloketsysteem (OSS). Hoe dat werkt, lees je in ons artikel over de OSS-regeling voor webshops.

Welk boekhoudpakket heb ik nodig bij veel webshoporders?

Kijk naar de limieten, niet alleen naar het instaptarief: Moneybird Groei verwerkt 50 banktransacties per maand, e-Boekhouden.nl ZZP 240 boekingen per boekjaar en Jortt ZZP 250 boekingen per maand. Bij veel orders kom je uit bij Moneybird Compleet, e-Boekhouden.nl Standaard + Factureren of Jortt Plus.

Bronnen: Belastingdienst: Btw melden via het eenloketsysteem (OSS), Belastingdienst: Btw bij verkoop van goederen aan particulieren in andere EU-landen, Moneybird: prijzen en pakketlimieten. Laatst inhoudelijk gecontroleerd op 28 september 2026.